Espaço usado pelos alunos para recreação nas aulas curriculares de Educação Física e para aprendizagem de natação como atividade extracurricular, o complexo aquático do Colégio João XXIII conta com três piscinas, de tamanhos adequados aos alunos do Minimaternal ao Ensino Médio, além de amplos e modernos vestiários.
Equipe especializada, composta por 7 professores, 1 inspetora e 2 recepcionistas, garante a qualidade desta prática esportiva.